В наши дни дни в музее проводится многогранная научно-исследовательская, собирательская и выставочная деятельность. В составе музейного собрания хранятся уникальные экспонаты, которые с природой Юго-Восточной части Крымского полуострова, бытом и культурой народов Крыма, историей Феодосии. Экспозиция развернута в 8 залах. Часть богатой коллекции древних каменных плит размещена под открытым небом в оригинальном лапидарном дворике музея. Лапидарный дворик выложен средневековой плитовой мостовой и брусчаткой XIX - первой половины XX века. В научной библиотеке музея собраны уникальные и редкие издания XVII - XX веков.
Уникальные диарамы зала природы дают представление о ландшафтах Юго-Восточного Крыма. Привлекает внимание и мозаичный пол с картой-схемой полуострова.
Экспонаты исторических залов музея охватывают прошлое Крыма со времени появления на полуострове человека и до наших дней,знакомят с наиболее яркими моментами истории античной Феодосии и средневековой Каффы (Кефе), Феодосии XIX - XX веков, культурой народов Крымского полуострова. Здесь широко представленны материалы археологических исследований древних поселений и некрополей, предметы быта, национальная одежда, мебель, коллекции старинных видовых открыток...
Наряду с постоянными разделами экспозиции в музее работают разнообразные выстаки.